O Museu tem como missão celebrar e promover a memória e as raízes institucionais, bem como preservar e valorizar o seu património cultural, material e imaterial.
Assumindo-se como um espaço de aprendizagem, visa contribuir para o conhecimento e mobilização de competências em torno dos temas da saúde.
Promove ainda uma perspetiva museológica assente na inserção do Museu no seio da comunidade profissional, académica e população em geral, enquanto fator de fomento da cidadania ativa.